Das menschliche Darmökosystem beherbergt eine komplexe Gemeinschaft von Mikroorganismen, die wichtige Verdauungs-, immunologische und physiologische Funktionen beeinflussen. Viele Bakterien und ihre Stoffwechselprodukte sind mit der Prävention von Krankheiten wie Diabetes, Adipositas, Colitis ulcerosa und kardiovaskulären Erkrankungen verbunden. Ernährung spielt eine zentrale Rolle bei der Zusammensetzung der Darmmikrobiota, deren gezielte Modulation als vielversprechende Gesundheitsstrategie gilt. Obwohl Fermentation die Nährstoff-Bioverfügbarkeit verbessert, bedarf die Wirkung fermentierter Lebensmittel auf das Darmökosystem weiterer Forschung. 

Das Zentrum nutzt den Human Intestinal Microbial Ecosystem Simulator (SHIME), ein dynamisches Modell des menschlichen Magen-Darm-Trakts, um die Zusammensetzung des Darmmikrobioms und dessen Reaktionen auf Lebensmittel und Probiotika zu untersuchen. SHIME ermöglicht es, den Einfluss einzelner Ernährungsfaktoren isoliert zu betrachten, ohne Störfaktoren der menschlichen Physiologie. So können Veränderungen des Mikrobioms durch fermentierte Lebensmittel präzise analysiert werden. Zudem wird mit dem ESIN-Modell, dem fortschrittlichsten In-vitro-Modell des Magens und Dünndarms, die Verdaulichkeit und Nährstoff-Bioverfügbarkeit neuartiger fermentierter Lebensmittel umfassend bewertet.