Matthias Gauly ha studiato l'agricoltura (scienza degli animali) e la scienza veterinaria presso le Università di Bonn e Gießen, Germania. Inoltre ha conseguito i dottorandi in entrambe le discipline. Tra il 1998 e il 2003 è stato Assistente Professore presso l'Istituto di allevamento e genetica presso l'Università di Gießen, Germania, dove ha conseguito la sua abilitazione post-dottorale (Habilitation) nella Scienza degli animali e degli allevamenti (Venia legendi). Successivamente si è trasferito presso il Dipartimento di Scienze Animali presso l'Università di Göttingen, dove è stato Professore Ordinario e Presidente del gruppo di produzione di Bestiame fino al 2014. Da quando segue il gruppo Animal Science Facoltà di Scienze agrarie, ambientali e alimentari alla Libera Università di Bolzano.

Oltre alle attività universitarie egli è attivo in varie posizioni. Per esempio. è membro del consiglio scientifico del ministero federale tedesco per l'agricoltura e la protezione dei consumatori, membro del consiglio della società agricola tedesca (DLG), presidente della Federazione europea della scienza animale (EAAP) o membro del consiglio di amministrazione della rivista "Animal", Cambridge Press.